A Mesa e o Provedor são os órgãos de administração da SCML.

Atualmente, a Mesa da SCML é composta pelo Provedor, pelo Vice-Provedor e por três Vogais. O Provedor é nomeado por despacho conjunto do Primeiro-Ministro e do membro do Governo que exerce a tutela sobre a Instituição. O Vice-Provedor e os Vogais da Mesa são nomeados por despacho da tutela, ouvido o Provedor.

O mandato do Provedor, do Vice-Provedor e dos membros da Mesa é de 3 anos, renováveis por iguais períodos.

Integram a Mesa:

 Provedor: Pedro Miguel Santana Lopes

 Vice-provedor: Fernando Eduardo Cabral Paes de Sousa Afonso

 Vogal da Mesa: Maria Helena Passos Rosa Lopes da Costa

 Vogal da Mesa: Rita Isabel Morais Tomaz Valadas Pereira Marques

 Vogal da Mesa: Paulo Sérgio Rosa Mateus Calado

A Misericórdia tem ainda os seguintes órgãos consultivos e de fiscalização: 

• O Conselho Institucional
• O Conselho de Jogos
• O Conselho de Auditoria

O Conselho Institucional é um órgão consultivo presidido pelo Provedor e composto por: 

1. Dois representantes do Ministério da Solidariedade e Segurança Social
2. Um representante do Ministério da Saúde
3. Um representante do Ministério da Economia e do Emprego
4. Um representante da área governamental que tutela a administração local, Presidência do Conselho de Ministros
5. Um representante da Irmandade da Misericórdia e de São Roque
6.  Três elementos de reconhecido mérito designados pelo Provedor

O Conselho de Jogos é também um órgão consultivo presidido pelo Provedor e composto por: 

1. Um representante da tutela
2. Um representante do Ministério das Finanças
3. Um representante do Ministério da Administração Interna
4. Um representante do Ministério da Saúde
5. Um representante do Ministério da Educação e Ciência
6. Um representante da área governamental que tutela a Cultura, Presidência do Conselho de Ministros
7. Um representante da área governamental que tutela o Desporto, Presidência do Conselho de Ministros
8. Um representante da área governamental que tutela o Turismo, Ministério da Economia e Emprego

O Conselho de Auditoria é um órgão de fiscalização, composto por: 

1. Um representante do Ministério das Finanças, que preside
2. Um representante do Ministério da tutela
3. Um Revisor Oficial de Contas nomeado pela tutela